La sección de Natación fue creada en el verano de 1967 bajo la dirección de Javier Aztarain.
El primer año de existencia contaba con 63 nadadores masculino y 27 femeninos todos ellos federados.
En 1969 Amaya asistió por primera vez a los Campeonatos Nacionales, a los cuales sólo asistían los mejores nadadores del país.
A finales de temporada se alcanzaba el segundo puesto en el Trofeo al mejor Club Vasco Navarro, lo cual constituía un sonado éxito por parte de nuestros nadadores.
En 1978 se celebraban en nuestras instalaciones los Primeros Campeonatos de Natación de los Primeros Juegos Deportivos de Euskadi.
Dentro de la sección no hay dudas de que las figuras más relevantes y que mayores éxitos han cosechado para nuestro club han sido los hermanos Urtasun: Javier y Amaya.
La sección de natación de nuestro club está compuesta actualmente, por más de 90 nadadores, distribuidos en las distintas categorías (Prebenjamines, Benjamines, Alevines, Infantiles, Júnior y Absoluto).
El conjunto participa en los campeonatos navarros, de Euskalherria (que en la edición de 2005 se disputaron en las piscina de 50 metros del club) y de España.
El equipo de natación, al que todos los días vemos en nuestra piscina olímpica bajo la dirección de David Domínguez se ha convertido en el mejor equipo de natación de Navarra durante los últimos quince años.
El equipo de los peques, dirigidos por Alvaro Gonzalez son las nuevas promesas de la natación en nuestro club.
Además, contamos con un equipo de natación con aletas, también bajo la dirección de David Domínguez. Esta joven sección nacida en el seno de la propia sección de Natación, va ganando adeptos día a día que quieren probar esta nueva modalidad deportiva.
En estos momentos, Miguel Jerico es el delegado de la sección.